緩解我國副食品供應偏緊的矛盾，農業部于1988年提出建設“菜籃子工程”。一期工程建立了中央和地方的肉、蛋、奶、水産和蔬菜生産基地及良種繁育、飼料加工等服務體系，以保證居民一年四季都有新鮮蔬菜吃。
到二十世紀九十年代中期之前，“菜籃子工程”重點解決了市場供應短缺問題。“菜籃子”産品持續快速增長，從根本上扭轉了我國副食品供應長期短缺的局面。除奶類和水果外，其餘“菜籃子”産品的人均佔有量均已達到或超過世界人均水平。
到1993年底，全國農副産品批發市場已達2080個，城鄉集貿市場已達8.3萬個，其中農副産品專業市場8220個，初步形成了全國大市場、大流通的新格局。
1994年，“菜籃子工程”已處在由過去以生産基地建設為主轉入生産基地與市場體系建設並舉的新階段。同年年底，全國肉類總産量達4499.3萬噸，禽蛋1479萬噸，水産品總産量達2146.4萬噸，水果總産量達3499.1萬噸，蔬菜面積達1.34億畝。全國有27個省市初步建立了主要副食品的地方儲備。
從1995年起開始實施的新一輪“菜籃子工程”，主要有四大特點：加大基地建設，向區域化、規模化、設施化和高檔化發展；城鄉協手共建“菜籃子工程”。不僅城郊發展“菜籃子”，而且廣大農區也積極發展“菜籃子”，一批全國性的農區基地正在形成和發展；提高科技含量，優化結構，增加花色品種。為了適應城鎮居民對“菜籃子”産品“鮮活、優質、營養、方便、無蟲害”的消費要求，各地在生産中廣泛採用良種、良法、以提高産品的産量和質量；探索新的流通方式，積極推進産供銷、貿工農一體化經營。
1995年，農業部公佈了全國23家首批定點鮮活農産品中心批發市場。同年，農業部實施了大、中城市“菜籃子”産品批發市場價格信息聯網。到同年9月，該信息網已與28個大、中城市和主産區的33個批發市場聯網。
1996年，“菜籃子工程”批發市場體系建設試點工作開始啟動。武漢、廣州、瀋陽、西安四個城市入選為首批試點城市。試點工作由農業部和國家體改委聯合成立的領導小組組織實施，試點的總體安排時間為2至3年。
1997年底，全國農副産品批發市場發展到約4000家。全國已初步形成了以中心批發市場為核心，連接生産基地和零售市場的穩定的“菜籃子”市場體系。
1998年，中共十五屆三中全會通過的《中共中央關於農業和農村工作若干重大問題的決定》指出，“菜籃子”産品生産要推廣優新品種，降低成本，提高效益，實現均衡供給。努力創造名牌農産品。
1999年9月，全國10大城市第12次“菜籃子”産銷體制改革經驗交流會透出這樣一個事實：國內“菜籃子”供求形勢已經從長期短缺轉變為供求基本平衡、豐年有餘，這標誌著我國“菜籃子”工程正進入一個新的發展階段。
2000年11月17日， 全國十大城市菜籃子産銷體制改革經驗交流會提出21世紀初“菜籃子工程”的主要目標任務：以優化結構、提高“菜籃子”産品質量和增加農民收入為中心，以深化改革、擴大開放和加快推進農業現代化為動力，實現“菜籃子工程”與生態環境協調發展，努力提高城鄉居民的生活質量。
2001年4月，一項重在提高農産品質量和保證農産品消費安全的“無公害食品行動計劃”由農業部組織實施。這項工作以“菜籃子”産品為突破口，以市場準入為切入點，從産地和市場兩個環節入手，通過對農産品實行“從農田到餐桌”全過程質量安全控制，計劃用8到10年的時間，基本實現主要農産品生産和消費無公害。
2002年7月，國家經貿委有關負責人宣佈，“三綠工程”進展順利並取得階段性成果。“三綠工程”是指提倡綠色消費，培育綠色市場，開闢綠色通道，以提高食品質量，維護消費者利益。隨著“三綠工程”的實施，全國“菜籃子”衛生質量安全檢測體系進一步加強，築起一道道食品安全防線，有效防止有害食品流入市場。
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