南京市衛生監督所、疾病預防控制中心2001年6月18日正式掛牌成立，下屬的建鄴區、雨花臺區、江浦縣衛生監督所和疾病預防控制中心同時宣告成立，這是該市為建立統一高效的衛生監督防病體制而實行的重大改革。
多年來，南京市衛生監督和防病機構職能交叉，力量分散，一個病設置一個防病機構，一部法建立一支執法隊伍，原有的衛生防疫站既承擔政府公共衛生監督執法功能，又承擔疾病防治和公共衛生服務任務，嚴重影響了衛生監督執法的公正性和疾病控制工作的有效性，改革勢在必行。新成立的市衛生監督所和疾病預防控制中心分別由防疫站、職防所、皮防所、健教所和血防醫院合併而成，衛生監督所的主要業務範圍為：受理並承辦衛生許可、資格認證及有關證書的發放、註冊、校驗等工作；依照法律法規進行預防監督和經常性監督；對違反衛生法律法規的行為進行調查取證並提出處罰建議等。疾病預防控制中心的職責是：研究提出疾病預防控制的規劃和措施，實施對傳染病、慢性非傳染性疾病、地方病、職業病等的綜合防治；從事衛生監督檢查，為監督執法提供技術服務；實施健康教育；開展預防醫學研究、預防保健服務和技術諮詢等工作。
據悉，目前，南京市及3個區縣衛生監督、疾病預防控制機構的內設機構已經完成，人員上崗到位，開始正常運轉，其餘區縣的相關機構將在年底完成組建。
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