人體感染HIV後到發展為艾滋病，可以分為4個臨床期，但不是每個感染HIV的人都一定出現4個臨床期。部分人（60%-70%）感染HIV的初期尚未出現症狀，即無症狀攜帶者，月25%-30%在3-5年內，表現為艾滋病相關綜合徵（ARC），以後約10%—25%再發展為典型的艾滋病，大概在10年內，50%—75%將發展為艾滋病。
急性感染期多發生於感染後2—6周，主要表現為流感樣症狀，發熱、頭痛、肌關節痛、咽痛、皮疹、全身淋巴結腫大，有的像單核細胞增多徵。有10%出現腦膜炎症狀，腦脊液中單核細胞增多，蛋白質中度增多。有的病人此期症狀輕微，常易忽略。一般持續3-14天，然後大部分病人進入無症狀期，而部分病人則持續發熱，淋巴結腫大，消瘦。此時一般血象正常，或血細胞輕度增高，淋巴細胞減少，血液中可HIV抗原，但出現血清HIV抗體陽性時間延遲，一般為輸血感染後2-8周，性交感染後2—3個月。
潛伏期為無症狀感染期，本期除HIV抗體陽性外，無自覺症狀和陽性體徵。潛伏期長短不一，半年到10年不等，少數可達15年。
艾滋病相關綜合症（AIDS-related complex,ARC），有的稱為持續性泛發性淋巴結病，本期實際屬於艾滋病的前期或早期，已出現艾滋病的基本特徵但症狀較輕。主要表現為全身淺表淋巴結腫大，多見於頭頸部淋巴結、胸腺乳突肌後緣淋巴結，一般至少有2處，可有脹痛或壓迫神經痛。50%的病人出現低熱、盜汗、消瘦、腹瀉，酷似結核病，或有瘙癢性皮疹，消瘦不能以發熱或營養不良解釋，1/3的病人的體重減輕在10%以上。有的病人出現神經紊亂、頭痛、抑鬱或焦慮。3/4的病人脾腫大，出現不名原因的貧血，白細胞血小板減少，T4細胞數<400mm3,T4/T8<1, HIV抗體陽性，部分患者經常或反復出現條件性感染，如腳癬、念珠菌感染、濕疹、皰疹等，雖然不很嚴重，但常使病人感到痛苦。
典型的艾滋病（full blown AIDS）主要表現為獲得性免役缺陷所引起的條件性感染（或稱機會性感染）、惡性病變和多系統損害。條件性感染常見的有：
（1）卡氏肺囊蟲肺炎（pnenmocystsis carinii pneumonia,PCP) 50%-60%的病人併發此病。卡氏肺囊蟲廣泛分佈于自然界，通過空氣和飛沫傳播，正常人因有抵抗力，感染後不構成威脅，但對有免疫缺陷的的艾滋病病人確是主要的病死原因。卡氏肺囊蟲肺寄生於肺泡及小支氣管，阻礙氣體交換，出現呼吸困難、咳嗽、發熱、紫紺。診斷主要依據肺部X線檢查、痰和免役學檢測。在寄生蟲感染中，出PCP外還有弓漿蟲病（toxoplasmesis)。艾滋病婦女感染此蟲後可胎傳給胎兒，引起流産、死産或胎兒的腦月眼的損害、小腦畸形和視網膜炎等；成年人感染後則出現腦膜炎、癲癇等。隱孢子蟲病也是艾滋病發生腸道感染的常見病之一，引起嚴重的霍亂樣水瀉便、每日5—10次不等。
（2）真菌性感染 其中以口、咽、腸道的白色念球菌常見，但比一般念球菌感染較重，出現口咽白膜，剝脫後灼痛，流涎，吞咽困難，腹瀉大便呈綠色或黏液便。此外還有肥、腦的隱球菌病，肺部曲菌病，組織胞菌病（histoplasmosis)。
（3）細菌性感染 最常見的是肺結核，其次是淋巴結核、腸結核。因治療效果欠佳，易早期死亡。與結核類似的鳥結合分支桿菌感染，症狀與結核類似，因對常用抗菌藥有耐藥性，也常導致艾滋病病人死亡。
（4）病毒性感染 常見的有皰疹病毒感染，單純皰疹病毒多發生在口外、生殖器、肛門，水皰較多，炎症反應較重，常致壞死、潰瘍、劇痛，持續時間長。艾滋病併發帶狀皰疹者不少，HIV感染者出現帶狀皰疹則常是艾滋病發病的預兆。皰疹多發生在肋間神經及三叉神經部位，距痛，常潰爛或出血壞死，或呈水皰樣。由痘病毒引起的傳染性軟疣亦不少見，多發生在外陰，腋下部位。還有乳頭瘤空泡病毒所致的尋常疣、尖銳濕疣。併發肝炎病毒感染的發生率可高達76%-95%，巨細胞病毒感染亦常見，表現為肝炎、肺炎或視網膜炎。
（5）惡性病變卡波西肉瘤（kaposis sarcoma,KS) 又稱多發性出血性肉瘤，併發率在20%-40%，多見於同性戀或異性戀的男性艾滋病病人，與經典餓KS不同之處是多發生在上半身，面（鼻梁、耳後）、口腔、咽、陰莖等處，表現為小的斑丘疹到大的結節、浸潤性斑塊，褐紅、紫紅到藍紫色。開始出現時因皮疹不典型易被誤認為皮下出血、痣或血管瘤，繼續擴展後常色澤加深或深紫色周圍有少許水腫。單個結節常成橢圓形，在軀幹的皮疹常沿皮紋分佈，像玫瑰糠疹或類似二期梅毒。一般不痛，很少出血，後期結節可融合成潰破。多數病人（70%）內臟也被累及，最常見為胃腸道、淋巴結、其次為肺。胃腸道KS多無症狀，亦很少出血。淋巴結腫大可引起淋巴回流障礙所致的水腫（陰囊），肺部病變用X線檢查難與肺部感染區別。
（6）非何傑金淋巴瘤 95%發生與淋巴組織外。骨髓受累則發熱、貧血，血象及骨髓異常。腦被累及時症狀無特異性，腦脊髓正常。消化道淋巴瘤表現為腹脹、腫塊、排便異常或出血。
（7）多器官系統損害、神經系統損害 表現為急性HIV腦膜炎、亞急性腦炎、進行性多灶性腦血質病、脊髓炎及周圍神經病變。亞急性腦炎的病變後果就是腦萎縮，引起進行性癡呆，記憶力減退，智力下降，生活不能自理或類似精神病症狀，約30%有肌陣攣。
（8）心血管損害 可發生心包炎、心肌病變、心內膜炎，可能與巨細胞病毒感染及各種條件性感染、營養障礙、藥物毒性等有關。
（9）HIV相關腎病 HIV可能引起局灶性階段性腎小球硬化，巨細胞病毒感染可致全身免疫複合物腎炎，可致膜性腎炎，發現腎損害後常在16周內死亡。
（10）皮膚黏膜病變 分為感染性和非感染性，感染性損害為口腔的毛壯白斑病，又稱口腔扁平濕疣（oral cendylomaplanus,OCL)表現為舌的側緣或舌背或頰黏膜出現白斑，表現為被有較厚的毛狀粗糙突出，難剝落，表現特別，多見於同性戀或異性戀的男性。脂溢性皮炎可發生在艾滋病前驅期，皮損好發于雙頰、顴部、頭皮、耳後及胸部，在紅斑基礎上被有大片油污狀鱗痂，比正常人的脂溢性皮炎嚴重。有的顴部紅斑似紅斑狼瘡，有的表現為大片角化性脫屑，似銀屑病，可發展為紅皮病。有的艾滋病病人可伴發皮膚乾燥、魚鱗病、嗜酸細胞性膿皰性毛囊炎、瘙癢性皮疹等。
（11）視網膜炎 發生率可高達75%，是本病導致失明的主要原因。
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