雖然歐盟此次通過的新條例允許轉基因産品進入歐盟市場，但輿論普遍認為，這仍然難以化解歐美間的轉基因之爭。
在轉基因産品問題上，歐盟的一貫看法是，轉基因産品對人、畜以及環境是否無害在科學上沒有定論，因此歐盟只能嚴格限制轉基因産品的銷售。對此，美國説，北美3億人常年吃轉基因玉米和大豆，至今也沒有發現什麼不良反應，歐盟的看法毫無科學依據。
由於分歧嚴重，美歐近5年來在轉基因産品問題上多次交手。1998年，歐盟停止批准轉基因産品的上市銷售，這使美國農民每年損失2億多美元。除此之外，歐盟的轉基因産品政策在世界其他地區還引起了連鎖反應。去年，由於擔心對歐盟的農産品出口受影響，讚比亞、津巴布韋等非洲國家不僅開始嚴格限制轉基因作物的種植，另外還拒絕了美國的轉基因食品援助。這讓美國大為惱火。
於是，今年5月，美國正式將這一爭端提交給了世貿組織。特約評論員馮全普：“多方面的研究成果説明，經過嚴格論證的，同意上市的轉基因食品基本上是無害的。此次歐盟和美國在轉基因食品上的論爭從根本上來講應該屬於利益之爭，事實上，如果歐盟對於美國在轉基因食品上開放市場的話，美國的轉基因食品將對歐洲本已非常脆弱的農業産生非常大的衝擊。此次歐盟的決定應該説對於美國是一種讓步，但這種讓步就如有的專家講的，是拆走了一道柵欄，同時又立起了兩垛磚墻。所以它們之間的論爭遠遠沒有結束。”
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