作為乳品行業龍頭企業， 公司始終將食品安全問題視為企業的生命線， 不斷加強産品質量安全保障工作，將食品安全問題貫穿于生産經營全過程，強化安全措施、增強服務意識。2003年12月，伊利集團通過了素有企業“綠色壁壘通行證”之稱的ISO14001環境管理體系的認證。截止2004年12月，集團公司液態奶事業部、冷飲事業部、奶粉事業部、酸奶事業部先後通過了國際食品行業中通行的HACCP質量管理體系認證，成為國內乳品行業第一家實現食品安全有效監控的企業。2004年初“伊利牌”全脂乳粉、調劑乳粉和脫脂乳粉獲得了國家産品免檢資格。2004年9月中國食品安全年會上，公司榮獲“全國食品安全示範單位年度十強企業”稱號。2005年伊利集團發佈了由集團領導潘剛先生親筆簽署的《伊利集團質量宣言》，宣告了伊利公司將繼續加強質量誠信建設、嚴加質量管理的努力和決心。2006年集團公司《質量大綱》正式發佈，成為伊利質量管理的綱領性文件。

公司依據ISO9001：2000《質量管理體系要求》、ISO14001：2004《環境管理體系要求及使用指南》、GB/T28001-2001《職業健康安全管理體系規範》、ISO22000：2005《食品安全管理體系——對整個食品鏈中組織的要求》，從原輔料的源頭到消費者的各環節進行質量嚴格管控，提升顧客滿意、保護環境和維護員工安全與健康。