雖然高尚的道德可以減少官員腐敗的衝動，完善的體制可以制約腐敗的發生，但卻無法根除腐敗發生的可能。政府要想鞏固政權之基，必須制約權力腐敗。
設立預防腐敗專門機構，實質上是以人民的智慧和力量為依託，變機構反腐為全民倡廉。預防腐敗實質上是通過發動人民群眾的力量，把一切腐敗現象和腐敗分子置於人民群眾的監督之中。
設立預防腐敗專門機構，從根本上來説是理順權利與權力來源的關係，是公僕意識的回歸，也是從體制上理順權力監督和制約關係。
只要有私人利益與公權力相對存在，那麼公權力就有腐敗的可能性，這不取決於官員的品德，也不取決於權力運行體制。雖然高尚的道德可以減少官員腐敗的衝動，完善的體制可以制約腐敗的發生，但卻無法根除腐敗發生的可能。甚至可以説，腐敗是公權力無法擺脫的噩夢，對於任何政府而言都是如此。應該説，政府權力運行層級和機構設置越簡單，腐敗發生的機率就越小。而由於現代政府的職能由眾多機構承擔，不同的機構(如各級政府、政府各部門)在行使公權力過程中，不僅這些政府機構的官員與社會之間存在利益關係，而且不同政府機構之間也存在利益關係，一方面官員的私人利益促使各政府機構謀求更多的部門利益，另一方面，機構的部門利益又為官員謀取更多的私利提供了條件。因此，政府由眾多機構分別行使職權的組織結構，是現代政府中腐敗現象發生的主要客觀因素。
腐敗無法杜絕，但不意味著無法制約。政府要想鞏固政權之基，必須制約權力腐敗。制約腐敗的主要方式包括懲治和預防兩類，相比較而言，懲治重在治標，預防重在治本。多年來，懲治一直是我們反腐倡廉工作的重點。懲治確實可以起到立竿見影的效果，可以讓腐敗分子及時受到黨紀國法的嚴厲制裁。但僅就懲治而言，仍然存在諸多弊病。首先，懲治難免挂一漏萬，致使大量的腐敗分子逍遙法外；其次，懲治雖然可以威懾腐敗分子、警惕世人，但若事實上存在許多腐敗分子未依法受到懲處，那麼懲治腐敗的警示和預防作用將大大削弱，並促發更多腐敗，形成惡性循環；再次，腐敗是藏于政府機體內的毒瘤，懲治好比西醫中的手術療法，腐敗的毒瘤被懲治後，雖然毒瘤沒有了，但機體也已受到創傷。中央明確指出，懲治腐敗要標本兼治、綜合治理、懲防並舉、注重預防。預防之於懲治，不僅是方法的區別，更是理念的不同；不僅是治理階段的關口前移，更是完善制度之本。縱觀各國治理腐敗的策略可知，預防是從源頭制約腐敗的有效辦法。
預防腐敗既可以通過道德思想教化官員，使其主觀上不願腐敗，也可以通過設計權力運行體制，使官員客觀上不能腐敗。前者是一種“軟約束”，其實際效果主要取決於官員的品性和整個社會的道德水準；後者是一種“硬約束”，通過剛性的程序設計，使權力運行于既定的正確軌道。這兩方面都很重要，是預防腐敗的根本途徑，尤其是後者，對於確保預防腐敗取得實效更加具有實際意義。但是，世界上並不存在一個現成的、普適的權力運行體制供各國套用，某一類型的權力運行體制是否適合於某一特定國家，取決於許多主客觀因素。權力運行體制是一個系統的、多層次的、複雜的體系，既包括各機構之間權力的宏觀劃分，也包括權力運行各階段的微觀設置，因此，權力運行體制的設計是一個系統工程，不僅涉及權力配置的政治法律問題，而且涉及權力運行程序設計的技術性問題。社會分工越複雜，對權力監督越深入，權力運行體制的設計也就越呈現出複雜的技術性。
任何體制都需要一個不斷完善的過程，權力運行體制也不例外。權力的産生、授予、行使、監督，是一個與客觀條件聯絡緊密的過程，無論人們在事先設計制度時考慮多麼週全，也無法預料將來會發生的全部情況。因此，權力運行體制需要不斷完善。但是由誰來完善，這是一個需要研究的問題。是由政府嗎？政府是由各個機構組成的，政府的職能是由各組成機構具體承擔的，完善權力運行體制，本身就是對政府機構權力和責任的重構，是對政府機構行使公權力附設程序性和實質性負擔條件，因此，寄希望於政府機構自我附加責任和義務、自我限制權力、自我剝奪既得利益，是艱難的。是由立法部門嗎？誠然立法者可以通過制定法律規制，完善各機構的權力運行過程，但立法畢竟只是針對重大事項的靜止性規範，相對於繁雜的、動態的經濟社會交易活動而言，立法天然地難以及時、有效、週全地約束權力運行的各個微觀環節。實際上也是如此，隨著經濟活動的頻繁，新的腐敗領域、新的腐敗形式不斷出現，立法不細、立法缺位的現象更加突出。
因此，設置一個專門的預防腐敗機構，對權力運行體制進行改革、完善是必要的，也可以有效地避免各種矛盾。這一專門機構，可以集中精力進行調查研究，分析各級政府機構權力運行中存在的問題，有針對性地個別規範，設計制定預防腐敗的政策法律，設計運行預防腐敗的權力制約機制，開展反腐敗的政策宣傳教育，完善權力配置，在體制上使掌權者不敢、不能、不願腐敗；在社會意識領域使腐敗成為人人喊打，人人避之，人人唾罵的醜陋現象。
這一專門機構必須具有足夠的權威，確保它對其他機構的權力運行具有調查權和調整改革的權力，具有協調、統籌其他監管機構的權力。這種權力不應僅僅是一種改革建議權，而應是具有實質性內容的決定權。這一專門機構必須具有足夠的知識和理論水平，它不應僅僅是一個行政部門，應該更像一個設計院，既要精通權力運行和監管的共有特點，還要熟悉政府各個權力機構的業務開展和權力運行的具體情況，了解容易滋生腐敗的薄弱環節。因此，這一機構除了要有機關工作人員外，更要有一批專家隊伍。如果説機關工作人員是這一專門機構的四肢，那麼專家隊伍則是其大腦。既要確保專門機構對專家隊伍具有直接的控制力，又要防止專家與其他被監督的政府權力機構形成利益關係，要使這些專家成為超脫的制度設計師。
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