《雲水謠》由上世紀40年代兩個台灣年輕人的邂逅開始。年輕俊朗的青年陳秋水因做家庭教師而來到王家，並與王家千金王碧雲一見鍾情，兩人很快墜入愛河並私訂終身。但適逢台灣局勢動蕩，作為熱血青年的陳秋水為躲避迫害從台灣輾轉來到大陸，自此兩個相愛的戀人被無情的現實分隔兩岸，唯有堅守著“等待彼此”的誓言相互思念對方。
　　與台灣失去聯絡的陳秋水，為思念母親徐鳳娘與戀人王碧雲而將名字改為徐秋雲。
　　作為軍醫的他奔赴朝鮮戰場，飽經戰爭與炮火的洗禮。一邊懷著保衛家國的熱血豪情，一邊默默思念海岸對面的親人。此時他結識了單純可愛的戰地護士王金娣，就像他與碧雲一樣，這個小護士第一眼就愛上了陳秋水，開始了對他執著的追求，並在戰爭結束後一直追隨已援藏的他到了西藏當地的醫院。由於海峽兩岸的分隔，又幾度尋找王碧雲無果，在這種絕望中，王金娣的真情如同一道曙光照亮了陳秋水，陳秋水最終與她結婚了。
　　此時身在台灣的王碧雲則以兒媳的身份主動擔負起照顧陳秋水母親的重任，並從此開始了漫長而無望的等待，她發誓要用一生來尋覓愛人的蹤跡。直到68年她終於得知了陳秋水的消息──陳秋水和妻子雙雙殉難西藏雪山。
　　近60年過去了，一生未嫁的王碧雲已兩鬢斑白，但那段純真美好的愛情仍然深藏在她的心裏。此時她的養女曉芮卻在西藏發現了陳秋水的蹤影……