農村清潔工程由農業部2005年以來試點實行，按照“減量化、資源化、再利用”的循環經濟理念，以建設資源節約型、環境友好型新農村為目標，以實施清潔田園、清潔家園、清潔水源為主線，以農村廢棄物資源化利用和農業面源污染防控為重點，推廣畜禽糞便、生活污水、生活垃圾、秸稈等生産、生活廢棄物資源化利用技術，變廢為寶，化害為利，用經濟的手段、市場的機制，建立物業化管理模式。

      農業部規劃到2015年，在全國22萬個自然村實施農村清潔工程。通過實施農村清潔工程，使項目村實現生活垃圾和污水的處理利用率、農作物秸稈資源化利用率和人畜糞便處理利用率均達到90%以上。

      農業部提出了農村清潔工程五大典型建設模式，即“南方稻區三池一溝”模式、“西南山區三池”模式、“中部平原三池一站”模式、“東北兩池一站”模式、“西北乾旱區兩池一窖”模式。“南方稻區三池一溝”模式是生活污水厭氧凈化池+農田廢棄物收集池+有機廢棄物好氧發酵池+生態攔截溝（塘），主要應用於厭氧沼氣池（單戶或聯戶）普及率較高、人口居住比較集中、生活污水量大、村集體經濟條件較好的自然村；“西南山區三池”模式是戶用生活污水厭氧凈化池+農田廢棄物收集池+農村有機廢棄物發酵池，主要應用於戶用沼氣池普及率較高、人口居住相對分散、人均生活污水産生量較大的自然村；“中部平原三池一站”模式是集中式生活污水厭氧凈化池+農田廢棄物收集池+農村有機廢棄物集中式發酵處理池+農村物業服務站，主要應用於集中聯戶式沼氣池和三格式凈化池普及率相對較高、有一定的技術基礎、人口居住較為集中、村集體經濟條件較好、具有一定規模的種養殖業、地勢平坦的平原型自然村；“東北兩池一站”模式是農村有機廢棄物集中式發酵處理池+農田廢棄物收集池+農村物業服務站，主要應用於秸稈資源豐富、養殖業發達（主要以奶牛養殖為主）、人口居住相對集中的寒帶、亞寒帶地區的自然村；“西北乾旱區兩池一窖”模式是農田廢棄物收集池+農村廢棄物處理池+集雨窖（池），主要運用於乾旱少雨、水資源匱乏、經濟欠發達地區的自然村。